El Club Deportivo Estudiantil CNI, fue fundado un 30 de julio de 1996 por un grupo de profesores de la propia institución Educativa CNI siendo un club que fue creado sin fines de lucro solo con el objetivo de fomentar en la juventud escolar la práctica del deporte empezando desde aquel entonces a participar en diferentes campeonatos que se desarrollaban en el ámbito local como son la comisión de menores copa federativa y campeonatos internos.

Es así que el club viene teniendo vigencia gracias al apoyo de la dirección del plantel y de su junta directiva que lo conformaban los mismos profesores.

Así transcurrieron los años hasta que el 2014 que deciden participar en la 3ra división de  la liga deportiva distrital de fútbol de Iquitos logrando campeonar y ascender ese mismo año a la 2da división, al siguiente año 2015 participa en dicha liga donde también logra el campeonato y asciende a la 1ra división de la liga deportiva distrital de fútbol de Iquitos desde el 2016 es participe de dicha liga donde ya se requería de una logística mucho más grande y responsable, es cuando por invitación de algunos directivos llegan al club algunos empresarios de la región que se suman al proyecto quienes llegaron a solventar y darle en soporte necesario al club con aspiraciones de llegar a la liga 1 de la máxima élite del fútbol peruano.

Desde entonces el club viene participando de dicha competencia hasta la actualidad donde siempre ha sido protagonista participando en torneos como es la Copa Perú siendo el 2017 donde logró llegar a la finalísima de la Copa Perú desarrollada en la ciudad de lima no logrando el objetivo, pero si siendo protagonista de dicho torneo hasta la actualidad.